محمد فاکر میبدی، فرزند علی اکبر در تاریخ 20/10/ 1338 خورشیدی، برابر با 13 رجب 1379 قمری، در شهرستان میبد دیده به جهان گشود، در سه سالگی پدر خود را از دست داد و تحت سرپرستی مادر مؤمن و متدین خویش قرار گرفت. وی دوران کودکی خود را به دلیل محرومیت از نعمت پدر، با سختی و مشکلات پشت سر گذاشت. و دوران تحصیلات کلاسیک را با کار و فعالیت سپری نمود. سالهای 1356 و 1357 شمسی که مقارن بود با مبارزات ملت ایران به رهبری حضرت امام خمینی (ره) و منتهی به پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی ایران شد. وی در این زمان همراه با دیگر اقشار مختلف مردم میبد در راهپیماییها و تظاهرات علیه رژیم شاه شرکت داشت و به پخش عکس، اطلاعیه و قرائت آن مبادرت می کرد، به همین دلیل یک بار توسط عوامل رژیم احضار  و مورد بازجویی قرار گرفت. به دلیل علاقه زیاد نامبرده به مسائل انقلاب نسخه ای از اعلامیه ها و بیانیه های انقلابیون کشور و به ویژه پیشگامان انقلاب در استان یزد و به خصوص شهید محراب حضرت آیت الله حاج شیخ محمد صدوقی، آیت الله حاج سید روح الله خاتمی، و آیت الله حاج شیخ محمد ابراهیم اعرافی، « قدس الله انفاسهم الزکیه» که از ارکان انقلاب در منطقه بودند در کتابخانه وی نگه داری می شود. نامبرده تحصیلات کلاسیک خود را تا ششم در مدرسه امام میبد به انجام رسانید و در سال 1355  جهت تحصیل علوم دینی وارد حوزه علمیه میبد شد و مقدمات، ادبیات، منطق و بخشی از دروس سطح را در آن حوزه فرا گرفت. لازم به یاد آوری است که در رشته فقه و اصول بیشترین بهره را از حضرت آیت الله العظمی مکارم شیرازی و در دروس تخصصی تفسیر و علوم قرآن بیشترین استفاده را از حضرت آیت الله معرفت برده است.